QIIME2にてProtist Ribosomal Referenceデータベースを用いて18S rRNA遺伝子配列の分類割当を行う
18S rRNA遺伝子配列の分類割当を行う QIIME2で18S rRNA遺伝子配列の分類割当を実行する際、公式にはSILVAデータベースが16S/18S rRNAのどちらの配列も内包しているためこ…
View Article[Joke]ディレクトリをグゥーっと深く掘って自分自身を移動するプログラム 'digger'
ジョークプログラムです。 「ディレクトリを掘って、自分自身をそこに移し、自分自身を呼び出す」ことを延々と繰り返すプログラムです。 bashで書かれています。unixシステムだったら動くと思います。昔…
View Article【上級編】bashシェルスクリプト 裏技 4選
bashシェルスクリプトには、効率的で強力なコードを書くための様々な裏技があります。本記事では、知られざる4つの裏技を紹介します。これらのテクニックを使いこなせば、より柔軟で堅牢なスクリプトを作成で…
View Articleaws-cli Athena/Lambdaのラッパースクリプトを書いて作業を効率化する
はじめに この記事は@ktatさんのaws-cli のラッパースクリプトを書いて作業を超効率化するを見て、AthenaとLambdaのラッパースクリプトを作ってみたものになります。 現状 業務上Am…
View ArticleGit&GitHub環境構築マニュアル
GitとGithubの習得はIT企業で仕事をするのにはマストです。システム開発に携わるエンジニアとなる人は必ずマスターしましょう！ （コマンドリスト）忙しい人のために バージョン管理の概念理解 本記…
View Articleローマ字入力厳しいって
はじめに gitを使ったことある人なら誰しもこんな体験したことありますよね。 そう「git」と打ち込んだつもりがローマ字入力になってて「ぎt」と表示されてしまったこと。 今回はローマ字入力になってち…
View Articleオレオレシェル芸ワンライナーチートシート
基本操作や環境周り コンソール操作ショートカットキー Ctrl + L: clearコマンドと同じ alt + B: 1単語分、左に移動 alt + F: 1単語分、右に移動 Ctrl + W: 直…
View ArticleJetson nanoに付けた4ピンPWMファンをbash使って温度に沿った自動制御をさせる
モチベーション Jetson Nano A02を手に入れました しかしファンがないのでよく落ちる 4ピンのPWMファンを買ってみた しかしJetson Nanoには自動でPWM制御する機能は付いてい…
View Article【42Tokyo】first circle前半の感想
1. はじめに 私は現在、以下の教育機関に所属しています。入学後約半年で義務過程(first circleと呼ばれる)の半分を終了したので、その感想をまとめようと思います。学校の規約で課題の詳細に…
View Article新卒6ヶ月のエンジニアがbashについて学んだ件
自己紹介 久しぶりの記事投稿となってしまいました。研修が終了し、配属された現場に毎日出社しながらJava Silverの勉強をしていたらQiitaの投稿が疎かになってしまいました。今後は現場で学んだ…
View Article【Bash】コマンドで隠しファイルも含めてファイルの移動やコピーをする方法
はじめに ファイルの移動やコピーを目的として mv や cp を使用する際に mv -v ./example/* ./sample のように実行しても隠しファイルは対象になりません。 % tree …
View Articleghqのディレクトリにfzf使って移動する方法
たぶん一番簡単な方法だと思います。 alias ghqcd='cd $(ghq list --full-path | fzf)' これを.bashrcなどに登録しておくだけです。 失敗例1 はじめは $ ghq list --full-path | fzf | cd…
View Articlebashで複数のデータを一度に変数格納する時に数を確認すればより安全にできるよ。短いコードで。
やりたいこと bashでデータをファイルから読み込んで複数の変数に格納する場合、一つでもデータがない場合は処理させないようにさせたい。 考え方 変数を配列にしてその数の整合性をチェックすればいい。 …
View ArticlePython (および任意の言語) でプログレスバーを表示する方法と、その理解
概要 Python (および任意の言語) でこんな感じの処理進行度を雑に表示したい。 Reading file 123 / 4000 ... TL;DR import sys import time …
View Articleシェルを快適につかえるようになろう! みんなどうやってシェルの操作覚えてきた?
シェルを快適につかえるようになろう! みんなどうやってシェルの操作覚えてきた? これは omotesando.rb # 102 の LT プレゼンです。 Kaigi on Rails でもよろしゃっ…
View ArticleAWS S3のバケットの中身をローカルにzipでダウンロードする
やりたいこと 業務でAWSリソースの整理をしておりいくつか使用していなさそうなS3を発見。 そのまま削除してしまうのも怖いし、アーカイブ用に残しておくのもコストがかかるので、 ローカルにZIPでダウ…
View Articleshell コマンド 備忘録
shellコマンド mktemp コマンド 文法：mktemp ファイル名 ランダムな名前のファイル名を作成する オプション：-d ファイルではなく、ディレクトリを作成する。 権限は、mktempを…
View ArticleBash: ${v:-} と ${v-} は同じだが ${v:-replaced} と ${v-replaced} は少しだけ違う
実際にご覧ください #!/usr/bin/env bash set -u # 未定義変数でエラーにする v='string' echo "01. \$v is '$v'" # > 01. $v is…
View Articleあるpythonファイルの中で、特定のディレクトリのファイルのbashコマンドのdiffを叩いて取って、画面に表示させたい。想定外の差分がある場合はエラー...
Pythonスクリプト内でbashコマンドのdiffを使用して特定のディレクトリのファイルの差分を取得し、表示する方法を説明します。 diffコマンドの実行と結果の取得 まず、subprocessモ…
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