概要
以下のことができるが、ジョブスケジューラにジョブが投入できない時
- 実行しようとしているコマンドは単独で実行できる
- ジョブスケジューラにジョブを投げることができ、正常に実行される
- snakemakeでも、ローカル実行は正常に実行される
以下のメッセージが行っていることが自分の今の状況と合わない気がした時。
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)
結論
ジョブスケジューラで使われるデフォルトのシェルが /bin/shとか /bin/bashでない可能性があるので、それを強制的に変更する
snakemake -j 999 --cluster "qsub -S /bin/sh"
エラーログの例
$ snakemake -j 999 --cluster "qsub"
Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cluster nodes: 999
Job counts:
count jobs
1 create_finish
1
[Sat Jan 9 15:48:47 2021]
rule create_finish:
output: /home/manabu/test/finish
jobid: 0
/home/manabu/test/touch_finish.sh
Submitted job 0 with external jobid 'Your job 275 ("snakejob.create_finish.0.sh") has been submitted'.
[Sat Jan 9 15:48:57 2021]
Error in rule create_finish:
jobid: 0
output: /home/manabu/test/finish
shell:
/home/manabu/test/touch_finish.sh
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)
cluster_jobid: Your job 275 ("snakejob.create_finish.0.sh") has been submitted
Error executing rule create_finish on cluster (jobid: 0, external: Your job 275 ("snakejob.create_finish.0.sh") has been submitted, jobscript: /home/manabu/test/.snakemake/tmp.ptnx9ol2/snakejob.create_finish.0.sh). For error details see the cluster log and the log files of the involved rule(s).
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Complete log: /home/manabu/test/.snakemake/log/2021-03-09T154847.033852.snakemake.log
公式FAQ
Frequently Asked Questions — Snakemake 6.0.3 documentation
他の解決策
POSIX準拠に書いたら問題ないのかもしれない。