FreeSurferの結果のまとめ方 ～aparc, aseg, wmparc～
目的被験者ごとのFreeSurferの結果を、一つのエクセルファイルにまとめる。詳しい解説とコードはFreeSurferの結果のまとめ方 ～aparc, aseg, wmparc～をご覧ください。
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.mgzから.nii.gzに変換する方法
目的FreeSurferで出力されるファイルには、分画された皮質、白質の画像(VOI)がある。しかしながら、それらのファイルの拡張子mgzはFreeSurfer特有の拡張子であり、他のソフトウェアとの整合性がない。そこで、FreeSurferの出力ファイルであるaparc+aseg.mgzの拡張子を.nii.gzに変換する。詳細詳しい解説とコードは.mgzから.nii.gzに変換する方法をご覧ください。
View ArticleちょっとしたTerminalコマンド【Mac OS X】
Appleのアプリを閉じて(cmd+q)開けたら以前使っていたものが開く問題terminalにdefaults write com.apple.[App Name] NSQuitAlwaysKeepsWindows -bool false ([App Name]はアプリの名前、例：Preview)と書くと開かなくなる。逆に、元に戻したい場合はdefaults write com.apple.[App...
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俺が使う最強のMac構築手順書
Macを移行した時、今までの状態に戻すのにすごく苦労したのでちゃんとした手順書として作成しておく本当はdotfilesを作ってコマンド１発で環境構築されるのが望ましいが後回しにしてしまっています……...
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EC2インスタンスにSSHしたときに黄色いネズミを色付きで表示する
EC2インスタンス(Amazon Linux 2)にSSHでログインしたときに表示されるAWSのアスキーアートの代わりに黄色いネズミを表示させるようにします。こんな感じ。ネズミのアスキーアートを用意する。適当にアスキーアートを探してきます。そして、/home/ec2-user/banner.txtとしてファイルに保存しましょう。banner.txtの例 .--, .--, ( ( \.---./ )...
View ArticleOracleデータベースをエクスポートしてダンプファイルにする方法
環境 Red Hat Enterprise Linux Server release 5.11 (Tikanga)SQL*Plus: Release 11.2.0.1.0Oracle Database 11g Enterprise Edition Release 11.2.0.1.0 - 64bit ProductionGNU bash, version 3.2.25やりたいこと :...
View Articleシェルスクリプトのset -eを罠を避けて使う方法
はじめにこの記事はこちらのまとめ「シェルスクリプトの set -e は罠いっぱい」の話に終止符を打つべく作成した記事です。前から書きたかったのですがうまくまとめきれずに放置してました。なぜ重い腰を上げたかについてはつい最近これに関連する自作ツールのバグを修正したからです。その話は雑談に近いですが事例にもなってるので後半の「番外編 この記事を書こうと思い立ったきっかけ」としてまとめています。1....
View Articleシェルスクリプトでxargsを使って関数に引数を渡したい
シェルスクリプトで複数並列で実行したいときに、xargsの-Pオプションを使えることを知りました。xargsから-Pでプロセス数を指定すれば複雑な処理も並列でできるじゃん！と思いましたが、なかなかできずに詰まりました。シェルで並列実行したいはずが、気づけばxargsで関数に引数を渡したい人になっておりました笑結論から言うと、以下で実現できました。export-ffunction${ARRAY} |...
View ArticleBash の getopts が関数内で動かないときの解決方法
問題の説明Bash で実行したスクリプトで、関数内で getoptsを実行したが思ったように動かない。原因getoptsはデフォルトで $@に相当するものを引数リストとみなして解析する。関数内ではこれは 関数の引数であって、スクリプトの引数ではないので、期待通りに動かないのであった。解決方法スクリプトのトップレベルで、スクリプトの引数を変数に入れ、それを getopts で指定するトップレベル.sh...
View Articlestdin is not a ttyとなった時の対応方法
環境 Windows 10 Pro 64bit バージョン1909GitBash(mintty 3.1.0)事象 : GitBashでwinptyとmysqlコマンドをリダイレクトして使ったら怒られた$ winpty mysql -u ponsuke -p-D sampledb -P 3306 stdin is not a tty原因 :...
View ArticleGITbashでの方法
GIT bashでの方法git config --global user.name ID git config --global user.email jtths474@gmail.comPASS sg*****保存済みのファイルを開いているvimから抜ける場合 :qファイルを保存しないでvimを抜ける場合 :q!ファイルを保存してからvimを抜ける場合 :wq最初 shimizu@kazuki...
View Articlebashの簡単なメモ
はじめにLPIC Lv.1はじめました。改めてシェルスクリプトを一から見直しているのでメモ残す。引数を表す変数変数名説明$0シェルスクリプト名$1１番目の引数$2２番目の引数$#引数の数$@すべての引数(スペース区切り)$*すべての引数(区切りは環境IFSで指定されたもの)確認のためのスクリプトと結果がコチラ# cat testargs echo $0 echo $1 echo $2 echo $#...
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C++のコンパイルから実行までを自動で行うシェルスクリプトを作った
最近競プロ人口がどんどん増えていますね。競プロきっかけでC++を始めたという方も多いのではないでしょうか。今回はコマンドラインでC++のコンパイルと実行を行っている人に向けて、その２つを一気にやってしまうスクリプトを紹介します作成したスクリプト以下を.bashrcまたは.zshrcに追記してください。関数名やコンパイルオプションなどは適宜変更していただければと思います。.bashrcfunction...
View ArticleMac デフォルトシェルを zsh から bash に戻す！
Macのデフォルトシェルが変更になっていた。macOS Catalina から デフォルトシェルがbashではなくzshになってしまったらしい！参考にしてたサイトに.bash_rcとか.bash_profileとかあった場合、コピペ導入しても動かなくて初心者さんはビビるのではないか！bashに戻してみようデフォルトシェルをbashに変更する$ chsh -s /bin/bash...
View Article【PATHを通す】を理解する
PATHを通すの意味がよくわからんので、色々調べました。そもそもPATHとはPATHとは環境変数の1つ。環境変数とはPC環境についての変数で、すでに多くの環境変数が設定されている。Terminalで$ envと入力すると、設定されているすべての環境変数が表示される。PWD=/Users/hogehoge SHELL=/bin/zsh...
View Article「PATHを通す」について
人に説明する機会があり再度、自分なりに解釈し直してみようかと。対象・Linux触りたての初心者の方・プログラミング言語を触ったことがある・絶対パス、相対パスについて理解しているまずはおさらいPATHを通すとは？こういうの↓$ export PATH="$HOME/.rbenv/bin:$PATH"...
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音声付きスライド (pptx/ppsx) を圧縮する
はじめにPowerPoint のオーディオ録音機能を用いて作成した pptx や ppsx は、ファイルサイズが結構大きめになります。これを手軽に小さくするための、ffmpeg を用いた簡単なスクリプトを書いてみます。こちらの GitHubに、Windows用のバッチファイルと Mac用の bash...
View Articlemaven repogitory をgitlabのpagesで作成する。
そもそもmavenリポジトリとは？ビルド済みjarファイルのライブラリを配布するハブ空港みたいなもの。今回はmavenセンターやjcenterなどの国際線空港を使わずに、gitlab...
View Articleシェルプログラミングをやってみた
はじめにこの記録はJSとかを適当にやっている学生がメモ代わりにしているものです。内容は期待しないでください。1.シェルプログラミングとはシェルとは,画面に入力されたコマンドを解釈し、カーネルに引き渡します。カーネルはOSの中核部分を担っています。また,このカーネルが出力した結果をシェルに渡して画面に表示するのです。簡単に言うとOSの中核となる部分（カーネル）を包み込み,OSと対話をする機能です。シェ...
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